Los métodos tradicionales de análisis de metabolitos secundarios de plantas implican la extracción del material seco o fresco, con solventes orgánicos o mezcla alcohol-agua. Tratándose de ecología química el material fresco es primordial, pues el material seco puede perder gran parte de sus compuestos activos. El extracto bruto resultante de la evaporación del solvente es fraccionado en columnas cromatográficas de baja o alta eficiencia utilizando varios tipos de fases estacionarias (sílica, sílica modificada, resinas del tipo LH-20, celulosa y alúmina entre otras) y fases móviles adecuadas. Las fracciones así obtenidas son sometidas a métodos espectroscópicos de identificación (ultravioleta, infrarrojo, resonancia magnética nuclear, espectrometría de masas y difracción de rayos X). Para separar los compuestos volátiles se emplea tradicionalmente la hidrodestilación, el arrastre con vapor, el "enfleurage", inyección directa de glándulas de animales y flores [20], siendo normalmente analizadas por cromatografía gaseosa acoplada a un espectrómetro de masa. Los avances de las técnicas analíticas de toma de muestras ("head space" estático, "head space"dinámico [17],micro extracción en fase sólida [21],) asociadas a técnicas más eficientes de separación y detección (cromatografía gaseosa acoplada al espectrómetro de masas, cromatografía líquida de alta eficiencia acoplada a espectrometría de masa o resonancia magnética nuclear) permiten actualmente trabajar en la identificación de compuestos liberados por plantas, animales y microorganismos, aunque éstos se encuentren presentes en mezclas complejas y en cantidades muy pequeñas (del orden de mili - a picogramos).