La CG es una técnica eminentemente cuantitativa. El principio básico de la cuantificación es que el área de los picos registrados en el cromatograma es proporcional a la massa del compuesto inyectado. Así, es fundamental para la confiabilidad del análisis que el área de los picos sea medida lo más exacta y reproductible posible. Existen varias maneras de medirse el área de un pico cromatográfico:

- Técnicas Manuales. Cuando el cromatograma es colectado por un registrador analógico, normalmente el área de los picos es medida manualmente. El procedimiento más empleado consiste en suponer que el pico cromatográfico se aproxima a un triángulo isósceles. Se mide la altura del pico (h) y el ancho de la base (w_b) o a la mitad de la altura (w_h), y se calcula el área por las fórmulas usadas para el cálculo del área de un triángulo:

ou

La conveniencia de usarse una o otra forma depende del ancho del pico, de la asimetría, etc. También, puede substituirse el área por la altura del pico. Esto es posible sólo para picos estrechos y simétricos.

- Integradores Electrónicos. Los Integradores son dispositivos basados en microprocesadores que colectan la señal cromatográfica, digitalizandola (transforman la señal eléctrica en números), detectan la presencia de picos y calculan su área. Los integradores son mucho más precisos y rápidos que cualquier método manual de medida, desde que usados convenientemente. Aunque sean dispositivos caros, cuando es necesario rapidez en la producción de resultados, su uso es casi que indispensable.

- Computadores. El integrador puede ser substituido por un computador, desde que este tenga un dispositivo para convertir la señal eléctrica en números que puedan guardarse em memoria (conversor analógico-digital), y se disponga de programas adecuados para hacer el análisis del cromatograma digitalizado. El costo de un computador con los accesorios necesarios para coleccionar y analizar cromatogramas es, por lo general, inferior al de un buen integrador. Además de eso, con un software y funcionamiento apropiado, puede proporcionar resultados más confiables que este último.

Cualquiera que sea la forma usada para medir el área de los picos, el procedimiento general de un análisis cuantitativo por CG involucra la obtención del cromatograma de la muestra, la medida del área de los picos de interés y el cálculo de la masa correspondiente a cada uno de los picos. Este cálculo debe hacerse empleando una curva de calibración: un gráfico correlacionando el área del pico con la masa del compuesto. La curva de calibración es obtenida cromatografiandose patrones conteniendo masas conocidas de los compuestos a ser cuantificados. Para cada sustancia, debe hacerse una curva de calibración propia, ya que cada compuesto responde de manera diferente al detector.

El esquema general propuesto anteriormente es llamado de patronización externa. Como es muy difícil conseguir buena reproductibilidad entre inyecciones diferentes, esto es muchas veces sujeto a gran imprecisión y inexactitud. Para contornar este problema, puede usarse la llamada patronización interna, donde a cada solución a ser inyectada se adiciona una cantidad exactamente igual de un compuesto que sea separable de los componentes de la muestra, y que no exista en ella (patrón interno). Como para todas las soluciones, tanto de las muestras como de los patrones existe la misma masa del patrón interno, el área de su pico debe ser la misma. Este hecho hace con que este pico pueda ser usado para corregir el área de los picos de los constituyentes de la muestra y de los patrones, eliminandose, por lo menos parcialmente muchas deficiencias de la inyección.